Фамилия Макария встречается редко и сразу привлекает внимание необычным окончанием. В русской ономастике фамилии на «-ия» — большая редкость, чаще они встречаются у греческого или южнославянского населения. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная напрямую от полной формы крестильного имени Макарий. В православных святцах это имя носит несколько святых, самое известное — преподобный Макарий Великий, египетский пустынник IV века. Имя греческое, означает «блаженный», «счастливый».

Если бы фамилия формировалась по стандартной русской модели, она звучала бы как Макаров (сын Макара) или Макарьев (от формы Макарий). Но окончание «-ия» указывает на другой путь: это могла быть фамилия, закрепившаяся в духовном сословии. В семинариях и при монастырях ученикам нередко давали фамилии по имени того святого, в честь которого они были наречены, или по названию храма. Если предок служил при церкви во имя святого Макария, его могли записать как Макария — в родительном или именительном падеже, как прозвание.

Есть и другая, более прозаичная версия. В некоторых говорах, особенно на юге России и в Белоруссии, фамилии на «-ия» могли возникать как усечённая форма отчества или прозвища, записанного писцом на слух. Например, вместо «Макарьин» (чей? — Макарьин сын) могли написать «Макария», особенно если носитель был малограмотен, а документ составляли со слов. В таком случае фамилия — просто искажённая форма притяжательного прилагательного, которая со временем закрепилась.

Географически фамилия Макария сегодня встречается единичными случаями, преимущественно в центральных областях России и на Украине. Связи с каким-то одним регионом не прослеживается. С точки зрения словообразования, это уникальный случай: суффикса как такового нет, фамилия совпадает с исходным именем в его полной церковной форме. Поэтому среди однокоренных фамилий Макаров, Макарьев, Макаренко, Макарычев эта стоит особняком — она не прибавляет к основе типовой суффикс, а оставляет имя почти нетронутым.