Фамилия Макашинов образована от прозвища или нецерковного имени Макаша. В основе лежит тюркское слово «макаш» (или «макач») — так в некоторых диалектах называли сорт хлопчатобумажной ткани, а также вид ножниц для стрижки овец. В русских говорах слово «макаш» фиксируется в значении «моток ниток» или «кисть для смазки». Поэтому прозвище Макаша мог получить и торговец тканями, и портной, и овцевод. Менее вероятна, но возможна связь с крестильным именем Макарий (в просторечии Макар) — через уменьшительную форму Макаша, где суффикс -ш- указывает на ласкательное обращение.

Суффикс -инов указывает на модель образования от основы, оканчивающейся на -а: Макаша → Макашин, но с течением времени в ряде говоров и при переписи фамилия закрепилась в форме Макашинов. Такое удлинение характерно для фамилий, записанных в XVIII–XIX веках в южнорусских и поволжских регионах, где смешивались русские и тюркские диалекты. Географически фамилия встречается в основном в Саратовской, Самарской и Оренбургской областях — зонах активного контакта русского и тюркского населения, где скотоводство и торговля тканями были распространены.

В ономастическом словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -инов рассматривается как редкая, но встречающаяся в антропонимии юга России. Фамилия Макашинов не относится к дворянским или купеческим — её носители, скорее всего, были из крестьян или мещан, занятых ремеслом или мелкой торговлей. Прямых параллелей с известными историческими личностями нет, что типично для фамилий, возникших из прозвищ по роду занятий.