Фамилия Маховкин образована от прозвища Маховка или Маховко. В основе лежит слово «мах» — взмах, размах, а также «махать». Прозвище Мах мог получить человек с широкими, размашистыми жестами, торопливый или суетливый в движениях. В псковских и тверских говорах «маховкой» называли большую кисть руки или широкий рукав, а в некоторых местах — даже мельничное крыло. Так что прозвище могло относиться и к профессии: мельника, плотника или работника, связанного с движущимися частями механизмов.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: Маховкин — сын или потомок Маховки. По модели образования это типичная русская фамилия, распространённая в центральных и северных губерниях. Встречается также вариант Махов, но Маховкин — более редкая форма, сохранившая уменьшительный оттенок прозвища. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с такой фамилией в Тверской, Ярославской и Костромской землях.

Есть и другая версия: фамилия могла возникнуть от канонического имени Махвей — просторечной формы имени Матвей. В этом случае Маховкин — потомок Махвея, а суффикс -кин закрепился в тех говорах, где имя сокращали до Маховка. Обе гипотезы правдоподобны, но первая — прозвищная — встречается чаще, так как в переписных книгах именно такие прозвания фиксировались раньше и шире.

Фамилия не имеет отношения к слову «мак» или «мох» — это разные корни. Сравните с однокоренными фамилиями Махаев, Махонин, Махоткин — все они восходят к «махать» или «маховой». Маховкин — одна из тех фамилий, где за бытовым прозвищем стоит живая черта характера или ремесло предка, а не абстрактное имя.