Фамилия Макосий — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичных восточнославянских суффиксов -ов/-ев, -ин, поэтому она сразу выбивается из ряда массовых русских фамилий. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская модель образования, где фамилии часто закреплялись в форме чистой основы без дополнительного патронимического суффикса. Окончание -ий указывает на прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?» или «какой?», что типично для прозвищ, перешедших в фамилии.

Корень «Макос-» вызывает несколько версий. Самая прямая — от имени Макар или Макарий. В разговорной речи эти имена могли сокращаться до формы Мако, Макось, а фамилия Макосий означала бы «сын или потомок Макара» (сравните: Макар — Макаренко, Макаров, но и Макасий). Такая модель встречается в западных регионах Украины, где суффикс -ий нередко заменял стандартное -ов.

Вторая версия — связь с языческим именем или прозвищем. В древнерусской мифологии известно женское божество Макошь (Мокошь), но прямое происхождение фамилии от него маловероятно: фамилии от имён богов в народной среде не образовывались. Однако прозвище «Макос» могли дать человеку, который занимался ткачеством (Макошь — покровительница прядения), или же это было ироничное прозвище — «богиня» в мужском роде. Такое хоть и редко, но встречается в ономастике (сравните фамилии Перунов, Велесов).

Третья, более прозаичная версия — от слова «мак» и суффикса -ось/-ос. «Макось» — человек, связанный с маком: либо сеял и торговал им, либо имел рыжие волосы (маков цвет). В украинских говорах «маківка» — головка мака, а «макосий» могло быть прозвищем обладателя пышной шевелюры. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия Макосий встречается в основном на западе Украины (Волынь, Ровенская область), где мак был традиционной культурой.

Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и казаки. В реестрах Войска Запорожского встречаются похожие формы — Макасий, Макась. Макосий — скорее всего, поздняя фиксация прозвища, которое в устной речи звучало как «Макось», а при записи получило книжное окончание -ий. Споров между версиями нет: наиболее правдоподобно происхождение от имени Макар через уменьшительную форму.