Фамилия Малафеик — один из тех редких случаев, когда на слух почти невозможно угадать, откуда она взялась. С первого взгляда кажется, что это что-то белорусское или украинское, но на самом деле корень у неё древний, церковный, а суффикс — чисто польский или западнорусский.

В основе фамилии лежит каноническое имя Малафей — народная форма крестильного имени Малахия (от древнееврейского «посланник Бога»). В русских говорах имя быстро обросло вариантами: Малафей, Малашка, Малаха. Отсюда же пошли фамилии Малахов, Малафеев, Малашко. Но Малафеик стоит особняком: суффикс -ик указывает на уменьшительно-ласкательную или «сыновью» модель, характерную для польской ономастики (сравните: Ковалик, Новак). В белорусских и западноукраинских землях такие фамилии давали не по отцу, а по прозвищу или имени самого человека: Малафеик — буквально «маленький Малафей» или «сын Малафея».

Скорее всего, фамилия закрепилась на территории современной Западной Беларуси или Подляшья (северо-восток Польши). Там, в зоне польско-белорусского пограничья, имена и фамилии часто принимали именно такую форму. В центральной России Малафеик почти не встречается — её легко спутать с более частотной Малафеевой, но суффикс выдает западнорусское происхождение.

Социальный состав носителей, вероятно, был крестьянским или мещанским: фамилии на -ик в этой среде давали как уличные прозвища, а не как дворянские родовые имена. В документах XIX века так могли записать крестьянина или ремесленника из-под Гродно или Бреста.

Ударение в фамилии, судя по аналогиям (Малафе́й → Малафе́ик), падает на второй слог. Вариант с ударением на «и» возможен, но менее традиционен.