Фамилия Малахи — прямая отсылка к библейскому имени Малахия, которое в переводе с иврита означает «посланник мой». В отличие от многих русских фамилий, образованных через суффиксы -ов или -ин, эта фамилия сохранила исходную форму имени без дополнительных окончаний, что указывает на её позднее происхождение или нерусские корни. Чаще всего такие фамилии встречаются у потомков духовенства или в среде, где библейские имена давали без адаптации к местной словообразовательной модели.

Имя Малахия принадлежало малому библейскому пророку, автору последней книги Ветхого Завета. Согласно тексту, он обличал народ за недостаток усердия в жертвах, священников — за уклонение от веры и угрожал людям судом божьим за их пороки. В христианской традиции это имя не было широко распространено, но встречалось в монашеской среде и среди священнослужителей, что и могло дать начало фамилии.

Географически фамилия Малахи редкая. Если искать её на карте, стоит обратить внимание на западные регионы бывшей Российской империи, особенно на территории с влиянием польского или украинского языков, где библейские имена нередко переходили в фамилии без изменений. Встречается также вариант Малахия — с окончанием, более характерным для полной формы имени.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. Отсутствие суффикса — признак того, что её могли зафиксировать в документах уже в готовом виде, как прозвище или прямое именование по отцу, без русификации. Это делает её ценной для тех, кто изучает историю фамилий духовного сословия: по ней можно проследить, как библейские имена проникали в бытовую ономастику.