Фамилия Малахивский — это не переделка церковного имени, а почти наверняка географическое прозвище. В русской ономастике фамилии на ‑ивский встречаются реже, чем на ‑овский, и чаще всего указывают на происхождение от названия села или местечка, которое в исходной форме звучало как Малахиво, Малахово или Малахивка. Суффикс ‑ск(ий) в таких фамилиях — типичный «дворянский» или «шляхетский» формант, который в XVII–XIX веках активно присваивался выходцам из западнорусских земель, особенно с территории современной Украины и Беларуси.

Основа фамилии — Малах (или Малахий). Это разговорная форма крестильного имени Малахия, которое восходит к древнееврейскому малахи — «посланник» или «вестник Божий». В православных святцах это имя носил один из двенадцати малых пророков, однако в быту имя было не слишком распространённым. Чаще всего оно встречалось среди духовенства и крестьян западных губерний Российской империи.

Самая вероятная версия: предок носителя фамилии был выходцем из населённого пункта с корнем «Малах-». Например, в Волынской губернии существовало село Малахово, а на территории современной Львовской области — село Малахив. Человек, переехавший оттуда в другую местность, получал прозвище «Малахивский» — то есть «тот, кто из Малахова». Со временем прозвище закрепилось как фамилия.

Менее вероятная, но возможная версия — прямое образование от имени Малахий через суффикс ‑ивский. В таком случае фамилия означала бы «сын или потомок Малахия». Однако в русской и украинской традиции от имён чаще образовывали фамилии на ‑ов (Малахов) или ‑енко (Малахиенко), поэтому вариант с ‑ивский сильнее указывает на топонимическое происхождение.

Сословный состав носителей фамилии был пёстрым. В ревизских сказках XIX века Малахивские встречаются и среди мещан, и среди однодворцев, и среди крестьян, что подтверждает: фамилия не была закреплена за каким-то одним сословием, а возникала в разных регионах независимо. Сегодня фамилия редкая, её можно встретить в основном на западе Украины и в южных областях России, куда переселялись крестьяне в ходе столыпинской аграрной реформы.