Фамилия Малахно звучит на южнорусский и украинский лад, и это не случайно. Её основа — крестильное имя Малахия, которое в народной речи на восточнославянских землях превратилось в Малах, Малаха, Малаш. Имя это древнееврейского происхождения и означает «посланник Божий», в православных святцах оно встречается, но редкое. Однако в украинской и белорусской среде оно бытовало охотнее, чем в великорусских губерниях, и дало целый куст фамилий: Малахов, Малашенко, Малашко, Малашук.

Суффикс -но — характерная украинская модель, указывающая на происхождение по отцу: Малахно буквально значит «сын Малаха». Такие фамилии особенно распространены на Левобережной Украине, в Черниговской, Полтавской, Сумской областях, а также среди украинских переселенцев на Кубани и в южных регионах России. В отличие от русской модели на -ов, украинские фамилии на -но не склоняются по падежам, и это отличие часто вызывало путаницу при записи в документах XIX века.

Есть и более прозаичная версия происхождения: в говорах юга России «малах» или «малаха» могли называть простоватого, нерасторопного человека, а иногда — бродягу. Но эта гипотеза слабее, поскольку имя Малахия дало настолько мощный и разветвлённый фамильный пласт, что притягивать нарицательное значение без веских диалектных подтверждений не стоит.

Интересная деталь: в старых метрических книгах фамилию могли записать как Малашно, Малашна, а то и Малачко — путаница между суффиксами -но и -ко в украинской ономастике обычное дело. Носители фамилии Малахно встречаются сегодня не только в Украине, но и в Краснодарском крае, Ростовской области, а также среди потомков эмигрантов первой волны в Аргентине и Канаде.