Фамилия Малахо — редкий пример того, как украинское имя, попав в русскую среду, сохранило свою первоначальную форму без суффикса. В большинстве случаев фамилии от канонических имён в России образовывались с помощью -ов или -ин: Малахов, Малашкин. Но фамилия Малахо — это застывшая украинская или белорусская основа, где -о выступает не как суффикс, а как окончание именительного падежа. Так называли самого человека: «Малахо», то есть «Малах», «Малахий».

В основе лежит крестильное имя Малахия (др.-евр. «посланник Божий»). В народной речи оно дало множество вариантов: Малафей, Малах, Малашка. На украинских землях имя редуцировалось до формы Малахій, а в бытовом общении — до Малахо. Фамилия могла закрепиться за человеком, которого в документах или в обиходе называли именно так, без отчества. Это характерно для казачьих реестров и метрических книг XVII–XVIII веков.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище от диалектного «малахай» (большая шапка, ушанка). В таком случае фамилия Малахо могла возникнуть как сокращение прозвища, но это спорно: обычно прозвища с таким корнем давали фамилии Малахов, Малахаев.

Географически фамилия Малахо встречается в основном на западе Украины (Волынь, Подолье) и в приграничных районах Беларуси. В России она редка и почти всегда указывает на украинские корни предка. Сословной привязки нет — носителями могли быть и казаки, и крестьяне, и мещане. Отсутствие суффикса говорит о том, что фамилия закрепилась в устной традиции раньше, чем попала в официальные бумаги, где её могли бы «обрусить» до Малахова.