Фамилия Малаховские (и её вариант Малаховский) — это типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, распространённой в Польше, на Украине и в западных областях России. Суффикс -ск- указывает на связь с местностью: такую фамилию получал либо владелец поместья (шляхтич), либо выходец из селения с названием вроде Малахово, Малаховка или Малахи. Поэтому прямое значение — «тот, кто из Малахова», а не «сын Малахия», как иногда ошибочно трактуют.

Однако корень фамилии действительно восходит к крестильному имени Малахий (др.-евр. «посланник Божий»). Это имя давали в честь библейского пророка Малахии, последнего из малых пророков Ветхого Завета; день его памяти — 16 января. В народной среде имя обросло множеством разговорных форм: Малах, Малаха, Малашка, Малафей. От них и пошли «простые» русские фамилии — Малахов, Малафеев, Малашев, Малашов. А вот форма Малаховский — вторична: она построена не напрямую от имени, а от названия поселения, которое, в свою очередь, назвали по имени или прозвищу первопоселенца Малаха.

В Речи Посполитой фамилии на -ский были привилегией шляхты, поэтому Малаховские — скорее всего, потомки мелкопоместных дворян или однодворцев, владевших землёй в окрестностях Малахова. Таких топонимов несколько: Малахово есть в Беларуси (Минская область), в Польше (Малахув под Варшавой) и в России (например, в Калужской области). Кто именно из них дал начало фамилии — вопрос отдельного генеалогического поиска.

В Российской империи фамилию могли носить и выходцы из духовенства: семинаристам часто давали фамилии по названию прихода или по имени святого, прибавляя «облагораживающий» суффикс -ский. Так что Малаховский мог стать и ученик, чья церковь была освящена в честь пророка Малахии.

Итог: фамилия Малаховские — не «сын Малахия» в прямом смысле, а указание на географическое происхождение. Её носители могли быть как польскими шляхтичами, так и русскими священниками или крестьянами, переселившимися из деревни Малахово. Без архивных изысканий по конкретной ветви определить сословную принадлежность предков нельзя — слишком разные пути ведут к одной и той же фамилии.