Фамилия Малахтий — редкий случай, когда фамилия, по сути, является застывшей формой личного имени. В её основе лежит каноническое крестильное имя Малахия (или Малахий), которое пришло из древнееврейского языка и означает «посланник Божий» или «вестник». В святцах оно известно по имени библейского пророка Малахии, последнего из ветхозаветных пророков. Однако в русской традиции это имя не получило широкого распространения, поэтому и фамилия встречается нечасто.

Словообразовательная модель здесь проста и архаична. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский, фамилия Малахтий образована путём «застывания» полной формы имени в именительном падеже. Такие фамилии (на -ий, -ей, -ай) типичны для украинской и белорусской ономастики, а также для южнорусских регионов. Носитель фамилии Малахтий — это, скорее всего, потомок человека, которого в документах записали просто по имени, без патронимического суффикса, что указывает на возможное украинское или белорусское происхождение рода.

Интересна и акцентологическая особенность. Фамилия может произноситься как с ударением на второй слог (Мала́хтий), так и на последний (Малахти́й). Второй вариант, с ударным окончанием, характерен для западно- и южнорусских говоров, где имена типа Иларио́н, Алексе́й, Малахти́й получали ударение на последний слог. В официальных записях ударение часто не фиксировалось, поэтому сегодня можно встретить оба варианта даже в пределах одной семьи.

Поскольку имя Малахия было редким, фамилия Малахтий не имеет массовой географии. Её можно встретить в основном на территории исторической Малороссии (современная Украина), в Беларуси, а также в южных областях России, куда переселялись выходцы из этих земель. Крестьяне или казаки, носившие это имя, могли получить фамилию в XIX веке при массовом закреплении фамилий, когда писарь просто записывал имя главы семьи в качестве родового прозвища.

С точки зрения социального контекста, фамилия Малахтий — яркий пример того, как редкое церковное имя «выжило» в народной среде, не вытесненное более популярными аналогами. Она не указывает напрямую на род занятий или прозвище, а служит маркером имени предка, который, вероятно, был назван в честь пророка Малахии.