Фамилия Мальчиков — одна из тех, где корень лежит на поверхности, но за ним скрывается не один, а несколько возможных смыслов. В основе лежит слово «мальчик», но прозвище Мальчик в старину давали не только ребёнку. Чаще всего так называли взрослого человека низкого роста — это типичный для русской ономастики случай, когда внешняя черта становилась именем на всю жизнь. Но была и социальная подоплёка: мальчиком называли слугу или малолетнего работника в ремесленном или торговом заведении. Прозвище могло закрепиться за тем, кто начал работать с детства, или за взрослым, выполнявшим обязанности помощника.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов (в форме Мальчиков) указывает на принадлежность — «сын Мальчика» или «потомок того, кого звали Мальчик». Фамилия образована напрямую от прозвища, без промежуточных имён, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, не раньше XVII века, когда фамилии на -ов стали массово фиксировать у крестьян и посадских.

Интересно, что фамилия Мальчиков встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в бывших Курской и Воронежской губерниях. Это наводит на мысль, что прозвище могло быть связано с местным говором: в некоторых диалектах «мальчик» означало не только ребёнка, но и парня-подростка, уже включённого в хозяйство. В отличие от фамилии Мальчиков, однокоренная Мальцев (от Мальц — уменьшительное от «малый») распространена гораздо шире и чаще связана с ростом, а не с социальным статусом. Мальчиков же — более редкий вариант, сохранивший оттенок именно прозвищной конкретики.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ов от прозвищ, обозначающих возраст или социальное положение, описывается как типичная для непривилегированных сословий. Таким образом, предки носителей фамилии Мальчиков были, скорее всего, крестьянами или ремесленниками, а само прозвище закрепилось за человеком, которого в округе знали как «мальчика» — по возрасту, росту или роду занятий.