Фамилия Мальчиковы — одна из тех, что образована напрямую от прозвища, без вмешательства крестильного имени. В основе лежит слово «мальчик», и здесь важно не спешить с единственным толкованием. Самое прямое объяснение — прозвище Мальчик могли дать маленькому ребенку или, наоборот, взрослому мужчине невысокого роста. Но в старом русском быту у этого слова был и социальный оттенок: мальчиком называли слугу, подмастерье, младшего работника в лавке или ремесленной мастерской. То есть прозвище могло закрепиться за человеком по его положению, а не по возрасту или внешности.

Словообразовательная модель здесь классическая: прозвище Мальчик плюс патронимический суффикс -ов. Такой суффикс указывает на принадлежность: Мальчиков буквально означает «сын Мальчика» или «из семьи Мальчика». В этом плане фамилия ничем не отличается от тысяч других русских фамилий на -ов, образованных от прозвищ. Никакой редкой морфологии здесь нет, что, впрочем, не умаляет её ценности как исторического источника.

Точное место и время возникновения фамилии Мальчиковы установить сложно. Фамилии на -ов в центральной России массово закреплялись в XVI–XVII веках, но процесс этот растянулся на столетия, и в разных слоях населения шёл по-разному. Можно предположить, что носители фамилии происходят из среды, где прозвища были распространены шире, чем книжные имена — из крестьянской или посадской среды. Дворянских родов с такой фамилией, судя по доступным данным, не зафиксировано, что косвенно подтверждает её «низовое» происхождение.

Любопытно сравнить Мальчиковых с однокоренными фамилиями. Например, Мальковы образованы от краткой формы Малько (той же основы, но с другим суффиксом). А фамилии вроде Мальчихины или Мальчонковы встречаются гораздо реже и показывают, что народная словообразовательная фантазия не ограничивалась одним шаблоном. Фамилия Мальчиковы — самая частая из этого гнезда, что говорит о широкой распространённости самого прозвища в прошлом.