Фамилия Мальчикова образована по самой распространённой в русской ономастике модели: к основе прозвища Мальчик добавили суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на женскую линию рода. Изначально фамилия звучала как Мальчиков, а форма Мальчикова — это её вариант, закрепившийся за женщинами или перешедший в официальные документы через жену или вдову.

Прозвище Мальчик неоднозначно. Первое, что приходит на ум, — внешность: так могли прозвать невысокого мужчину или человека с юношескими, почти детскими чертами лица, который и в зрелом возрасте выглядел молодо. Однако есть и социальная версия, которая выглядит убедительнее. В русских говорах и в быту XIX века «мальчиком» нередко называли слугу, рассыльного, официанта или подмастерья. Прозвище могло закрепиться за человеком, который долго служил в этой роли, или за его отцом. В пользу этой версии говорит то, что прозвище по профессии или положению в обществе давали чаще, чем по случайным внешним признакам.

Словообразовательный тип фамилии (основа на -ов) типичен для центральной России и Поволжья. Фамилия Мальчикова не относится к числу очень редких, но и не образует плотных гнёзд в одном регионе — её носители встречаются разрозненно, что характерно для прозвищ, а не для фамилий, образованных от крестильных имён. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель «прозвище + -ов» описывается как основная для фамилий непривилегированных сословий, поэтому предки Мальчиковых, скорее всего, были крестьянами или мещанами.

Спор между двумя версиями происхождения прозвища — внешность или занятие — неразрешим без генеалогических изысканий конкретной семьи. Но в любом случае фамилия Мальчикова не связана с детьми: она принадлежала взрослому человеку, которого окружающие выделили либо за малый рост, либо за его работу в услужении.