Фамилия Маликжан — одна из тех, что пришли в русский язык из тюркско-персидского мира. Её основа — составное имя Маликжан, которое состоит из двух частей. Первая часть, «Малик», восходит к арабскому слову «малик» — «царь», «владыка», «господин». Вторая часть, «жан», — персидского происхождения, означает «душа», «жизнь», «дорогой». Вместе имя Маликжан можно перевести как «царственная душа» или «дорогой владыка». В исламской традиции такие имена-композиты часто давали мальчикам, вкладывая в них пожелание благородства и значимости.

Фамилия Маликжан образована не по русской модели (с суффиксами -ов/-ев, -ин), а как застывшая форма личного имени. Это характерно для фамилий народов Средней Азии, Кавказа и Поволжья, где отчества и фамилии нередко совпадают с полным именем отца или деда. Носители фамилии Маликжан — это, скорее всего, потомки человека по имени Маликжан, который жил, например, в среде узбеков, таджиков, казахов или татар. В русском документообороте такая фамилия могла закрепиться без изменений, поскольку её основа не склонялась по падежам.

С точки зрения сословной истории, фамилия не даёт прямой подсказки. Имя Маликжан мог носить как человек из знатного рода (на что указывает «малик»), так и простой крестьянин или ремесленник — в исламской культуре красивые имена давали вне зависимости от социального статуса. Встречается фамилия и у современных носителей в России, особенно в республиках Татарстан и Башкортостан, а также в странах Средней Азии. Иногда её путают с арабской фамилией Малик, но приставка «жан» чётко указывает на персидское влияние, что сужает ареал происхождения до регионов, где соприкасались тюркские и иранские языки.