Фамилия Малиновскя — редкий, почти единичный вариант написания. Основная масса носителей этой фамилии в России и Беларуси пишется через окончание -ий: Малиновский. Вариант с -я на конце указывает, что перед нами, скорее всего, женская форма фамилии (жена или дочь Малиновского) или результат описки при записи в паспортном столе. В польской традиции, откуда фамилия родом, женский вариант звучал бы как Малиновска (Malinowska), а мужской — Малиновски (Malinowski). Русское окончание -ий закрепилось при адаптации.

Основа фамилии прозрачна: «малина». Фамилия образована по популярной в Польше и на западе России модели с суффиксом -овск-/-евск-, который первоначально указывал на принадлежность к населённому пункту. Человек по фамилии Малиновский — это, вероятнее всего, выходец из села или поместья с названием Малиново, Малин, Малиновка. Таких топонимов десятки по всей Восточной Европе: от Подмосковья до Волыни. Названия давали по обилию малинников в округе.

Вторая, менее распространённая версия — прозвищная. Малиной на Руси могли называть человека с румяным лицом, сладкоголосого или, наоборот, любителя сладкого. Но для фамилии с суффиксом -ский топонимическое объяснение убедительнее: такие фамилии в массе своей давались дворянам и шляхте по названию имения, а не по личным качествам.

Социальный состав носителей Малиновских был пёстрым. В Речи Посполитой это была типичная шляхетская фамилия (герб «Побог» и другие). После разделов Польши многие Малиновские перешли в крестьянское и мещанское сословие. В Российской империи фамилия встречалась и среди духовенства — семинаристы часто получали «благозвучные» фамилии от названий растений и природных явлений. Однако вариант Малиновскя в мужском роде — это почти наверняка ошибка записи, и её обладателю стоит проверить документы старших родственников.