Фамилия Малистратов звучит так, словно её обладатель — потомок какого-то важного чиновника или магистра. И это первое, самое прямое объяснение: в основе лежит слово «магистрат» (в старом произношении — «малистрат»). Магистратом в Российской империи называли городское сословное управление, а также здание, где оно заседало. Служащий магистрата, а особенно его председатель (бургомистр или ратман), мог получить прозвище Малистрат, от которого и пошла фамилия.

Однако есть нюанс, который делает эту фамилию не совсем типичной. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей сын?» — Малистратов. Но если бы прозвище дали самому чиновнику, его детей скорее назвали бы Малистратовыми. В данном случае фамилия могла закрепиться за человеком, который не был магистратом, а, например, служил у него писарем, рассыльным или дворником. Прозвище Малистрат в народе часто давали не по должности, а по месту работы или по привычке бывать возле магистрата. В некоторых говорах слово «малистрат» звучало как «малестрат» или «маластрат», что объясняет колебания в написании, которые могли встречаться в старых документах.

Есть и более прозаичная версия. В южных и малороссийских губерниях «малистратом» могли в шутку назвать человека важного, надутого или, наоборот, бедно одетого, но стремящегося казаться начальником. В таком случае фамилия — это не указание на реальную службу, а ироничное прозвище, закрепившееся за предком. Сравните с фамилиями Губернаторов, Сенаторов или Городничих — все они образованы по той же модели, но не всегда означали, что предок действительно занимал этот пост.

Географически фамилия редкая, встречается разрозненно, без ярко выраженного «гнезда». Это говорит о том, что она возникла в разных местах независимо, как только в городе появлялся магистрат и человек, с ним связанный. В метрических книгах XIX века Малистратовы встречаются среди мещан и купцов — тех самых сословий, которые имели прямое отношение к магистратскому управлению. Так что, скорее всего, предок носителя этой фамилии был человеком городским, грамотным или хотя бы «присутственным» — при должности или при месте.