Фамилия Малистратова — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а искажённое слово, связанное с церковной иерархией. Её ядро — «магистр» или «магистрат», но в народном произношении эти книжные термины упростились до «малистрат». Суффикс -ов (в женском роде -а) указывает на типичную модель русской фамилии: так называли человека по его отцу, которого в быту прозвали Малистратом.

Первая версия говорит о духовном сословии. В южных и центральных губерниях России магистром называли выпускника духовной академии, получившего учёную степень. Но в крестьянской среде, где латынь была чужда, слово переделали на свой лад — в «малистрата». Если предок нёс это прозвище, он мог быть либо самим обладателем степени, либо, скорее, его слугой или работником, за которым закрепилось прозвание «малистратов» — то есть «магистров».

Вторая версия отсылает к городскому управлению. Магистрат — орган власти в городах Российской империи, введённый ещё Петром I. Чиновника или служащего магистрата в народе могли окрестить «малистратом» (с утратой твёрдого «г»). Тогда фамилия Малистратовы — потомки тех, кто служил при магистрате: писцов, сторожей или мелких канцеляристов.

Обратите внимание на суффикс: -ов, а не -ин. Это значит, что прозвище отца было на согласный (Малистрат), а не на -а/-я. Если бы в основе лежало женское имя или прозвище вроде «Малистрата», фамилия звучала бы как Малистратин. Встречаются также варианты написания — Малистратский или Магистратов, но Малистратова — самый «обрусевший» вариант, говорящий о глубоком укоренении в простонародной среде.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где церковные и административные термины чаще переиначивались на местный лад. В документах XIX века её можно найти среди мещан и однодворцев — людей, которые не были крепостными, но и не принадлежали к дворянству. Носители фамилии, скорее всего, жили в небольших городах или крупных сёлах, где существовал магистрат или где церковная школа готовила «магистров».