Фамилия Малолин — редкая и внешне прозрачная, но при ближайшем рассмотрении не такая простая. Её основа — «малый», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Малолин, то есть сын или потомок Малого (или Малоли). Однако в русских фамилиях на «-ин» основа обычно оканчивается на -а, -я, а здесь мы видим стяжённую форму «Малол-». Это наводит на мысль, что перед нами не стандартное прозвище «Малый» с суффиксом, а скорее всего, форма от составного имени или прозвища Малой, Малоля (уменьшительное от Малой) с последующим упрощением: Малоля → Малолин.

По другой версии, фамилия могла возникнуть от прозвища Малоля, которое давали невысокому человеку или младшему в семье. В говорах слово «малоля» встречается как ласковое обращение к ребёнку. Суффикс «-ин» здесь закономерен: Малоля + ин = Малолин. Третья, менее вероятная гипотеза — связь с диалектным глаголом «малолить» (мельчить, делать мелко), но в ономастике такие глагольные основы редки и обычно дают фамилии на -ов, а не на -ин.

Географически фамилия Малолин тяготеет к центральным и южнорусским областям, где были распространены прозвища на -оля (как Гавриля, Иваня). Встречается она нечасто, и это говорит о том, что родоначальник был, скорее всего, крестьянином или ремесленником — в дворянских и купеческих родах такие «простые» прозвища обычно заменяли на более звучные. Сравните с однокоренными фамилиями: Малолин стоит в одном ряду с Малыхиным, Малюткиным, Малютиным — все они образованы от уменьшительных форм корня «мал-», но каждая по-своему.

Таким образом, Малолин — это фамилия-прозвище, которая прямо говорит о внешности или возрасте предка: он был мал ростом или младшим среди братьев. Никакой сложной истории сословных привилегий за ней не стоит, а есть живая народная речь, зафиксированная в фамилии.