Фамилия Мальсунов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного для русских фамилий корня, указывающего на профессию или внешность, поэтому её разбор требует внимания к деталям.

Скорее всего, основа фамилии — прозвище Мальсун. Суффикс -ун в русском языке часто образует имена деятеля или обладателя признака: говорун, ворчун, хвастун. Соответственно, Мальсун — это человек, обладающий качеством, связанным с корнем «мальс-». Но что это за корень? Самый вероятный вариант — диалектное или искажённое слово, связанное с «малый», «мальчик», «малец». В говорах встречались формы вроде «мальсун» — так могли называть низкорослого, молодого на вид мужчину или, наоборот, того, кто ведёт себя по-мальчишески, несерьёзно. Суффикс -ун придаёт прозвищу оттенок постоянного свойства: не просто малый, а именно такой, которого за это качество постоянно выделяют.

Менее вероятная, но допустимая версия — тюркское влияние. В языках народов Кавказа и Поволжья есть корни «мал» (скот, имущество) и «сун» (сова, птица), но сложить их в осмысленное прозвище, которое дало бы фамилию, затруднительно. К тому же финаль -ов указывает на русскую модель образования: фамилию дали по отцу — «чей?» — Мальсунов, то есть сын Мальсуна.

Фамилия могла закрепиться в среде крестьян или посадских людей, где прозвища часто цеплялись за внешность или поведение. Географически она встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда, что говорит о её локальном, а не массовом происхождении. Сравните с однокоренными: Мальцов, Мальцев, Мальчуков — все от «малый», но Мальсунов стоит особняком из-за редкого суффикса. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта модель не описана отдельно, что подтверждает её нетипичность.