Фамилия Мальцер — это «говорящее» прозвище, которое прямо указывает на занятие предка. В её основе лежит немецкое слово Malz или еврейское malts, что означает «солод» — пророщенные, высушенные и крупно смолотые зерна злаков, незаменимые в производстве пива, спирта и кваса. Соответственно, Мальцером называли человека, который имел дело с этим продуктом: скорее всего, он был пивоваром, винокуром или виноторговцем. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в русской среде часто образовывались от отчества, фамилия Мальцер сохранила иноязычный суффикс -ер, типичный для немецких названий профессий (ср. Беккер, Шнайдер, Мюллер). Это говорит о том, что фамилия не переделывалась под славянскую модель, а бытовала в среде немецких колонистов или ашкеназских евреев на территории Российской империи. Встречается она преимущественно в западных губерниях — Волынской, Подольской, Киевской, а также в Царстве Польском, где были сильны немецкие и еврейские общины. Изредка фамилию могли записать как Мальцер, Мальцар или Мальцер, но основное написание устойчиво закрепилось в документах XIX века.