Фамилия Малые — это форма множественного числа от фамилии Малый, которая указывает на целый род или семейство. Такая модель образования (через окончание -ые) характерна для северных и центральных областей России, а также для некоторых регионов Украины и Беларуси. Когда говорят «Малые», имеют в виду не одного человека, а всех членов семьи: «дом Малых», «семья Малых». Сейчас эта форма часто выступает как самостоятельная фамилия, закрепившаяся за конкретными потомками.

По корню фамилия восходит к прилагательному «малый». Чаще всего это было внутрисемейное ласкательное имя, которое давали младшему ребенку или малышу. В русских семьях Малым называли новорожденного — и это имя могло остаться с человеком на всю жизнь, превратившись в фамилию для его детей. О многочисленности такого обычая говорят родственные фамилии: Малых, Малюхин, Малыгин, Маленков, Малютин, Малой, Маленький.

По другой версии, Малым на Руси называли парня, молодца или слугу, прислужника — то есть человека, который находится в подчиненном положении или просто молод. Есть и гипотеза, связывающая фамилию с крестильным именем Мал (от греческого «дурной, злой»), но она менее убедительна: в народной среде имя Мал скорее воспринималось как охранительное, чтобы обмануть злых духов, а не как прямое указание на характер.

Фамилия Малые — хороший пример того, как прозвище или домашнее имя, данное по росту, возрасту или положению в семье, перешло в фамилию, а затем закрепилось во множественном числе, обозначая уже не одного человека, а целую фамильную ветвь.