Фамилия Малышек — редкий пример того, как уменьшительно-ласкательная форма не застыла в виде фамилии на -ов/-ев, а сохранила польский или украинский суффикс -ек/-ик. Если бы фамилия образовалась в центральной России, мы бы скорее увидели Малышев (от Малыш) или Малышков (от Малышок). Форма на -ек (Малышек) прямо указывает на западнославянские или малороссийские земли, где суффикс -ек служил для образования имён и прозвищ: Малыш → Малышек (маленький, младший в семье или невысокий человек).

Основа фамилии прозрачна — корень «мал». В славянской антропонимии прозвище Малыш давали не только ребёнку, но и взрослому невысокого роста, а иногда младшему сыну (сравните с парой Большак — Малышок). Фамилия Малышек могла возникнуть двумя путями: либо как самостоятельное прозвище (Малышек), которое со временем закрепилось за потомками, либо как адаптация польской фамилии Małyszek (от mały — «маленький»). Второй вариант вероятнее, если учесть, что польский суффикс -ek даёт звучание «шек», а в русском языке такое окончание нетипично для фамилий — оно чаще встречается у украинцев, белорусов и поляков.

По сословной принадлежности носители фамилии Малышек, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В дворянских гербовниках эта фамилия не зафиксирована — она бытовая, прозвищная, без аристократической приставки «-ский». Встречается она сегодня в основном в западных областях России (Брянская, Смоленская), а также в восточных регионах Украины и в Польше. В дореволюционных метрических книгах её можно найти в Волынской и Гродненской губерниях.

Интересная деталь: фамилия Малышек не перешла в распространённую форму Малышков, хотя по правилам русского языка суффикс -ок в фамилиях часто заменяется на -ков (ср. Козлов от Козёл). Это говорит о том, что носители фамилии долго сохраняли исходное произношение либо фамилия письменно закрепилась уже после того, как суффикс перестал осознаваться как уменьшительный. В современных телефонных справочниках и соцсетях Малышек встречается в десятки раз реже, чем Малышев, что подтверждает её локальный характер.