Фамилия Малюкеева — женская форма от Малюкеев, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -еев (а не на -ев) встречается реже, чем привычный -ов, и указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае корень Малюк- восходит к прозвищу или имени Малюк. Это уменьшительная форма от слова «малый»: малюк, малёк — так в русских говорах называли маленького человека, ребёнка или младшего в семье. В некоторых диалектах «малюк» означало и детёныша животного, но в основе прозвища почти всегда лежал рост или возраст.

Географически фамилия Малюкеев тяготеет к южнорусским и поволжским областям. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища. По данным переписей и метрических книг XIX века, носители фамилии фиксировались в Саратовской, Тамбовской и Пензенской губерниях — регионах, где активно смешивались великорусские и украинские говоры. В украинском языке «малюк» — общеупотребительное слово для ребёнка, и это могло повлиять на закрепление прозвища у переселенцев с юго-запада.

Морфология фамилии проста: основа Малюк- плюс суффикс притяжательности -еев (фонетический вариант -ев после мягкого согласного). Первоначально Малюкеев — сын Малюка, то есть потомок человека с прозвищем Малюк. Однокоренные фамилии (Малюков, Малюгин, Малюшин) встречаются чаще, но именно форма с -еев указывает на диалектное произношение основы: «Малюкей» (с ударением на последний слог) или «Малюк» с последующим смягчением.

Споров о происхождении здесь почти нет: большинство исследователей сходятся на прозвищной основе от «малый». Альтернативная версия — связь с тюркским словом «малюк» (скот, имущество) — маловероятна для русской фамилии с типичным славянским суффиксом. Скорее всего, предок носителя фамилии был невысокого роста или младшим в семье, и это закрепилось в родовом имени.