Фамилия Малюковский — одна из тех, что указывает на географическое происхождение, но с неочевидным корнем. Суффикс -ский в русской ономастике чаще всего означает, что предок носил прозвище или имя по названию места, где жил или откуда был родом. В данном случае основа — Малюк или Малюка. Это могло быть прозвище от прилагательного «малый» (невысокий человек, младший в семье), либо уменьшительная форма крестильного имени — например, от Малахий или Малх. В украинской и белорусской среде «Малюк» — распространённое прозвище для ребёнка или низкорослого мужчины, и фамилии на -овский/-евский там обычны для шляхты и крестьян, переселявшихся из одного села в другое.

Вероятнее всего, Малюковский — это фамилия, образованная от названия населённого пункта вроде Малюково или Малюковка. Такие топонимы встречаются на территории современной Украины, Беларуси и западных областей России. Человек, переехавший из такого места, получал прозвание «Малюковский» — «тот, кто из Малюкова». Модель типична для польско-литовской традиции, где -ский было маркером дворянского статуса, но со временем распространилась и среди простых крестьян. В ревизских сказках XIX века можно встретить как помещиков Малюковских, так и бывших крепостных, взятых по месту выхода.

Корень «мал-» даёт множество однокоренных фамилий: Малюков, Малюгин, Малютин, Малявкин. Но Малюковский стоит особняком из-за суффикса: он не просто указывает на признак (маленький), а привязывает человека к конкретной местности. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он или его отец переселился из деревни, где жили «малюки» — либо по прозвищу основателя, либо по рельефу (малое село). В польских метриках фамилия могла записываться как Malukowski, что подтверждает её западное происхождение.

Спорных версий здесь немного. Иногда пытаются связать Малюковского с литовским malūkas («мельник»), но это натяжка: слово не даёт топонимов с -ск, а прозвище мельника в славянской среде — Млынарский или Мельниковский. Более правдоподобно, что фамилия — вариант написания Малковский, где «ю» появилось под влиянием украинского произношения (Малюк вместо Малко). В любом случае, искать корни стоит в западных губерниях Российской империи — на Волыни, Подолье или в Гродненской губернии.