Фамилия Маматхожин — редкий пример сложения двух восточных имён в одной основе. Она образована от составного мужского имени Маматхожа (варианты: Маматходжа, Мамат-Ходжа), где первая часть «Мамат» — это диалектная или сокращённая форма имени Мухаммад (Магомед, Мамет), а вторая «хожа» (ходжа) означает «господин», «наставник», «потомок пророка» или «человек, совершивший хадж». В тюркской и иранской традиции ходжами называли уважаемых людей, часто духовных лиц или купцов. Таким образом, имя Маматхожа можно перевести как «почтенный Мамат» или «господин Мухаммад».

Фамилия построена по русской словообразовательной модели: к основе «Маматхож» добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Маматхожин). В русской традиции фамилии на -ин обычно образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я (Гришин, Ильин), но в случае с восточными заимствованиями суффикс -ин мог присоединяться и к другим финалям, особенно в среде крещёных татар, башкир или казахов, где фамилии на -ин встречаются наряду с -ов.

Географически фамилия Маматхожин тяготеет к регионам с тюрко-мусульманским населением: Татарстан, Башкортостан, Казахстан, а также к Узбекистану и Таджикистану, где имя Ходжа (Хожа) распространено широко. В дореволюционной России носители такой фамилии могли быть как из числа служилых татар, так и из купеческих или духовных сословий, но точных данных о сословной принадлежности нет — фамилия редкая и не попала в массовые списки дворянства или крестьянства.

Любопытная деталь: в отличие от более частых фамилий типа Маметов или Ходжаев, Маматхожин сохраняет в основе два корня, что говорит о том, что имя-прозвище закрепилось в полной форме, а не сократилось до одного компонента. Это делает фамилию «говорящей» для этимолога: она буквально фиксирует имя предка, которого звали Маматхожа. Встречаются варианты написания Маматходжин, но форма с «х» (Маматхожин) более характерна для русскоязычной записи через «х» (как в фамилии Хожин).