Фамилия Мананковы (в мужском варианте — Мананков) образована от имени или прозвища, и у её происхождения есть несколько версий. Самая вероятная из них ведёт к церковному имени Иммануил, что в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». От этого длинного и торжественного имени в народе образовалось множество обиходных, просторечных форм, одна из них — Мананка. Именно от неё через суффикс -ов и появилась фамилия: Мананка → Мананков, то есть «сын Мананки» или потомок человека с таким именем.

Существует и другая, менее распространённая гипотеза, которая связывает фамилию не с именем, а с прозвищем Мананка. В этом случае оно могло относиться к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род занятий. Прозвище могли дать тому, кто занимался изготовлением манной крупы — размалывал пшеницу особым образом. Хотя эта версия выглядит менее убедительной, чем имя-основа, она также имеет право на существование.

Ещё одна гипотеза, совсем слабая, отсылает к мусульманскому мужскому имени Маннан, которое с арабского переводится как «милостивый». Однако для исконно русской фамилии с суффиксом -ов, образованной от имени на -а, такое объяснение маловероятно: модель «Маннан → Мананка → Мананков» требует дополнительных промежуточных звеньев, которых в русской ономастике не прослеживается.

Фамилия Мананков закреплена в основном за центральными и южными регионами России, но точное место и время её возникновения установить сложно — процесс формирования фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий и завершился лишь к XIX веку.