Фамилия Мананкина — женская форма, а мужская, Мананкин, образована с помощью типичного русского суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Мананкин буквально значит «сын Мананки» или «человек из семьи Мананки». Основа здесь — не каноническое церковное имя, а его обиходная, просторечная форма.

Чаще всего фамилию связывают с восточным именем Манан, которое переводят как «душа». Если это так, то прозвище Мананка мог получить человек с мягким, душевным характером, либо имя давали как пожелание таких качеств. Однако в русской ономастике есть и вторая, не менее вероятная версия: Мананка — это народная, упрощённая форма имени Мануил (Иммануил). Библейское имя Иммануил («с нами Бог») через греческое посредство превратилось в Мануила, а в крестьянской среде легко сократилось до Манана или Мананки. Покровителем этого имени считается святой мученик Мануил, пострадавший за веру в 304 году в Сирмии: он твёрдо исповедал Христа перед правителем, за что был заключён в темницу, но не отрёкся от веры.

Какая из версий правдоподобнее? Обе имеют право на существование. Имя Манан действительно встречается у тюркских народов, и фамилия могла возникнуть на стыке культур, например в Поволжье или на южных рубежах России. Но массовое бытование фамилии именно в русской среде говорит в пользу второй версии: от крестильного имени Мануил через форму Мананка. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные модели — когда полное церковное имя сокращается до двухсложной основы с суффиксом -к(a) — описаны как обычный путь образования прозвищ и фамилий.

Окончательно определить, от какого именно корня пошла фамилия в конкретном роду Мананкиных, можно только через генеалогическое исследование: запись в метрической книге или ревизской сказке может показать, как звали первого носителя — Мананом или Мануилом. Но в любом случае фамилия Мананкина — пример того, как живая народная речь перерабатывала имена, делая их короче и удобнее для повседневного общения.