Фамилия Манасина образована от просторечной формы библейского имени Манассия («забытый» по-древнееврейски) — Манася. В Библии Манассия — старший сын Иосифа и внук Иакова, родоначальник одного из колен Израилевых. Интересно, что, благословляя внуков, Иаков отдал первородство младшему брату Ефрему, а не Манассии — этот библейский сюжет хорошо известен. Имя Манассия в русской традиции встречалось в святцах, но было редким, поэтому в народе его часто упрощали до Манаси, Манаси и т.п.

По модели образования фамилия Манасина — типичная русская фамилия с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Манасин, то есть сын Манаси, а Манасина — женская форма или форма родительного падежа (в крестьянском быту так могли записать жену или дочь главы семьи). Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: Манася → Манасин → Манасина.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральной России, фамилии на -ин особенно распространены на севере и в Поволжье. Поэтому, вероятнее всего, предки носителей фамилии Манасина происходили из северных или волжских регионов, где такие фамилии были нормой. Сословно фамилия могла принадлежать и крестьянам, и духовенству — в среде священников библейские имена давали чаще, чем в крестьянской среде, хотя упрощённая форма Манася скорее указывает на бытовое, а не книжное происхождение.

В ономастике фамилия Манасина стоит в одном ряду с более частыми Манасеиными, Манасьиными и редкими Манассиными — все они восходят к тому же корню. Разница лишь в том, насколько исходное имя сохранило книжную форму: Манасина — это результат народной переработки, где «двойное с» исчезло, а окончание упростилось.