Фамилия Маннаев образована по самой распространенной в русской ономастике модели — от имени или прозвища с помощью суффикса -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — Маннай. Это, скорее всего, тюркское имя, которое в русской среде русифицировали, прибавив к нему фамильный суффикс. Ударение в фамилии, вероятнее всего, падает на второй слог: Манна́ев.

Корень «ман» в тюркских языках многозначен. В разных диалектах он может означать «я», «здесь», а также входить в состав сложных имен как компонент со значением «стойкий», «постоянный». Однако конкретное имя Маннай — не самое ходовое, оно встречается в башкирской и татарской среде. В башкирском языке есть имя Маннаф, а форма Маннай может быть его диалектным вариантом или уменьшительно-ласкательной формой. Смысл такого имени обычно связывают с пожеланием ребенку быть высоким, видным, заметным — от арабского «манаф» (высокий, возвышенный). Со временем имя Маннай, попав в русскую документацию, обросло фамильным суффиксом и закрепилось как Маннаев.

География фамилии довольно узкая. Основная масса носителей сосредоточена в Поволжье и на Урале, особенно в Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается фамилия и среди казахов, где она также восходит к личному имени Маннай, но там часто сохраняется исходное написание без русского суффикса.

Интересно, что фамилия Маннаев не имеет отношения к библейской «манне небесной» — это народная этимология, которая возникает у русскоязычных носителей. На деле перед нами типичный пример адаптации тюркского антропонима в русской фамильной системе. Предки современных Маннаевых, скорее всего, были башкирами, татарами или мишарями, получившими фамилию по имени отца при переписях или после отмены крепостного права. Сословно это могли быть государственные крестьяне или тептяри — категория населения, платившая подати, но не приписанная к дворянству или духовенству.