Фамилия Маннафов — редкий случай, когда корень слова не имеет славянского происхождения, а сама фамилия почти наверняка указывает на определённый регион и религиозную традицию. Основа «Маннаф» восходит к арабскому имени Маннаф (مناف), которое в доисламской Аравии было именем одного из божеств, а позже, после принятия ислама, закрепилось как личное имя. В переводе с арабского «маннаф» означает «возвышенный», «высокий», «тот, кто выше других». Таким образом, фамилия образована от мужского имени Маннаф по стандартной русской модели патронимического суффикса -ов: «чей?» — Маннафов, то есть «сын Маннафа».

Словообразовательная модель здесь проста: к восточному имени добавили русский суффикс принадлежности. Это типично для фамилий, которые возникли у народов Поволжья, Северного Кавказа или Средней Азии в период, когда они входили в состав Российской империи и получали паспорта с русскими окончаниями. Носители фамилии Маннафов — скорее всего, потомки татар, башкир или азербайджанцев. Встречаемость фамилии крайне низкая: она не входит даже в первую тысячу самых распространённых фамилий России. По данным открытых телефонных справочников, основная масса Маннафовых живёт в Татарстане, Башкортостане и в Азербайджане, что подтверждает региональную привязку.

Стоит обратить внимание на то, что имя Маннаф встречается и в мусульманской среде, и у народов, исповедующих христианство (например, у части татар-кряшен), поэтому однозначно судить о вероисповедании предка по фамилии нельзя. Скорее всего, фамилия появилась в XVIII–XIX веках, когда у тюркских народов начали массово фиксировать фамилии по отцу. Других версий происхождения, кроме арабского имени, у этой фамилии нет — попытки связать её с русским словом «манна» (небесная пища) лингвистически несостоятельны, так как в русском языке нет суффикса -аф, который можно было бы осмысленно разобрать.

Единственная деталь, которая выделяет фамилию Маннафов среди похожих (Маннапов, Маннафов), — это двойное «н» в корне. В некоторых записях встречается вариант «Манафов» с одной буквой «н», но это, скорее всего, ошибка при записи или упрощение. Правильное написание с двумя «н» точнее передаёт арабскую графику имени.