Фамилия Манафова образована от тюркского мужского имени Манаф, которое означает «высоко стоящий». Вероятно, родители, нарекая своего ребёнка таким именем, надеялись, что в будущем их сын достигнет высокого социального статуса. Из однофамильцев известен актёр Народный артист Азербайджана Фахраддин Манафов. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Манафовых можно лишь на основании генеалогических исследований.