Фамилия Маньшин образована от имени Маньша. Вопрос лишь в том, мужское это имя или женское. Самая распространённая версия связывает Маньшу с просторечной формой крестильного имени Мануил (древнееврейское «с нами Бог»). По этой модели Маньша — уменьшительное вроде Ваньша от Иван или Саньша от Александр. Тогда фамилия означает «потомок Мануила по прозвищу Маньша».

Но есть и другая возможность. Маньша могло быть женским именем (производным от Мария или Маня). Фамилии по матери давали реже — обычно внебрачным детям или в семьях, где отец рано умер. В таком случае Маньшин — отчество от материнского имени, а не от отцовского. Эта версия объясняет суффикс -ин, который в русских фамилиях чаще присоединялся к основам на -а/-я, независимо от пола: Маньша → Маньшин.

Оба варианта имеют право на существование, и без генеалогических записей XVII–XVIII веков определить, какой из них верен для конкретного рода, невозможно. География фамилии тоже не даёт однозначного ответа: Маньшины встречаются и на Русском Севере, и в центральных областях, и в Поволжье. В любом случае, в основе лежит личное имя — церковное или бытовое, — а не прозвище по профессии или внешности.