Фамилия Маньшина образована от просторечной формы крестильного имени Мануил. В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог». Полное имя Мануил в повседневном общении сократили до Маньша — так на Руси звали человека, носившего это церковное имя. По этой модели появились и родственные фамилии: Мануйлов, Маньков, Маньшин.

В основе фамилии лежит мужское имя, поэтому, вопреки окончанию -а, она не относится к числу редких «материнских» фамилий. Фамилии вроде Маньшина образовывались от отчества: Маньшин сын, то есть сын Маньши. Женское окончание — это грамматическая форма, которая закрепилась в русском языке для обозначения принадлежности через суффикс -ин.

Скорее всего, основатель рода Маньшиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В документах XVI–XVII веков такие фамилии встречаются у посадских людей и крестьян северных и центральных уездов России. Фамилия не указывает на дворянское происхождение: в боярских и служилых списках её почти нет.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маньша → Маньшин. Сама основа Маньш- — результат усечения и добавления уменьшительного суффикса -ш- к корню Ман- (от Мануил). Такая модель типична для русских фамилий: аналогично образованы Сашин, Петьшин, Ваньшин.

Таким образом, фамилия Маньшина — это отчество от обиходной формы имени Мануил. Она несёт память о предке, которого в быту звали Маньша, и указывает на его происхождение из простонародной среды, где церковные имена часто сокращали до коротких домашних прозвищ.