Фамилия Манурина принадлежит к распространённому у славян типу родовых именований, образованных от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Манурина буквально означает «дочь (или жена) Мануры». В русской традиции такие фамилии чаще всего закреплялись за женщинами в форме женского рода, тогда как мужской вариант — Манурин.

Основа фамилии — Манура — скорее всего, является производной формой от крестильного имени. В качестве исходного можно рассматривать имя Мануил (церковная форма от библейского Эммануил, означающего «с нами Бог»). В народной речи это имя нередко сокращалось и видоизменялось: Мануйло, Манура. Уменьшительно-ласкательный суффикс -ур- (как в именах Мишура, Ванюра) придавал основе бытовой, обиходный оттенок. Таким образом, Манура — это домашняя форма от Мануил, а фамилия Манурина — «принадлежащая Мануре», то есть потомку человека с таким прозвищем или именем.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «манура» — так в некоторых говорах называли медлительного, нерасторопного человека или, наоборот, того, кто «манежится», капризничает. Однако в ономастике предпочтение отдаётся версии происхождения от имени, поскольку суффикс -ин в русских фамилиях чаще присоединяется к личным именам, а не к нарицательным словам.

Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Манурина, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого). В данном случае мы видим типичный пример, когда церковное имя, пройдя через народную переработку, дало начало фамилии, которая закрепилась в основном в центральных и северных регионах России — там, где была сильна традиция «уличных» фамилий на -ин.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одной или нескольких соседних деревнях и распространилась с переселением крестьян. Сословно носители фамилии относились к крестьянству или мещанству — дворянских родов Мануриных в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано.