Фамилия Манжуилов — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание нехарактерным суффиксом. В русских фамилиях редко встречается элемент -уил-, и это первая зацепка для разбора. Словообразовательная модель здесь нестандартная: основа «Манжу-» плюс суффикс -ил- (как в фамилиях Козлил, Скородумилов), затем добавлен типичный патронимический суффикс -ов. То есть исходная форма — прозвище или мирское имя Манжуило, которое позже дало фамилию.

Корень «Манжу-» почти наверняка связан со словом «манджуры» — так в русских говорах называли маньчжуров. В XVII–XVIII веках, после присоединения Сибири и начала контактов с Цинской империей, слово «манджур» (или «маньчжур») вошло в обиход. Прозвище Манжуило могли дать человеку, который чем-то напоминал маньчжура: внешностью, одеждой, манерой говорить, или же тому, кто побывал в тех краях, торговал с маньчжурами. В русской среде такие прозвища по этнониму — обычное дело: Калмык, Татарин, Черемис, и Манжуило стоит в том же ряду.

Суффикс -ил- в прозвищах часто придавал оттенок просторечия, иногда даже пренебрежения или шутливости. Манжуило могло быть уменьшительно-пренебрежительной формой от «манджур». Встречаются и однокоренные фамилии: Манжурин, Манжуров, Манжуев — они образованы проще, без редкого суффикса. Манжуилов стоит особняком: он явно указывает на конкретное лицо, которого в своём окружении так прозвали за связь с маньчжурами.

Географически фамилия тяготеет к югу Сибири и Забайкалью, где русские напрямую контактировали с маньчжурами. В переписях XIX века носители фамилии встречаются в Иркутской губернии и Забайкальской области. Сословно — в основном крестьяне и казаки. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что логично: прозвище по чужому этносу вряд ли дали бы в высших слоях.

Споров вокруг этимологии почти нет. Единственная альтернативная версия — от тюркского «манжу» (что-то вроде «слабоумный»), но она не выдерживает критики: в тюркских языках такого корня с этим значением нет, а в русских говорах слово «манджур» было живым и конкретным. Так что исходник ясен: прозвище по национальности соседей или торговых партнёров.