Фамилия Манжуков образована от прозвища Манжук, которое восходит к монгольскому слову «манж», что в переводе на русский язык означает «новичок, ученик». Можно предположить, что прозвище Манжук подчеркивало социальный статус человека. Возможно также, что прозвище связано с киргизским словом «манжын» — «седло со всеми принадлежностями». Соответственно, Манжуком могли называть либо лихого наездника, либо того, кто занимался изготовлением седел, конской упряжи. Существует также гипотеза, согласно которой, прозвище Манжук произошло от белорусского прилагательного «манежни», означающего «жеманный». Тогда, так могли прозвать манерного, слащаво изысканного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Манжук, со временем получил фамилию Манжуков.