Фамилия Манжукова — женская форма, образованная от мужской Манжуков. Её основа, скорее всего, связана с этнонимом «маньчжур». В русском языке слово «маньчжур» в прошлом нередко произносили и писали как «манжур», отсюда и фамилия. Прямых аналогов с суффиксом -ов от названия народа в русской ономастике много: например, Татаринов, Греков, Немцов. Манжуковы, таким образом, могли быть потомками человека, которого в какой-то момент прозвали Манжуром — либо за внешнее сходство с жителями Маньчжурии, либо по роду занятий, связанному с торговлей или службой на восточных границах Российской империи.

Вторая версия менее вероятна, но имеет право на существование: основа могла произойти от тюркского слова «манжы» — «лесть», «подхалимство». В этом случае прозвище Манжук давали льстивому или изворотливому человеку. Однако в русских говорах такое слово не зафиксировано, а вот этноним «манжур» хорошо известен, особенно в Сибири и на Дальнем Востоке, где фамилия встречается чаще.

Суффикс -ов указывает на типичную модель образования русских фамилий от прозвищ или названий. В данном случае он присоединился к основе «Манжур» через промежуточную форму «Манжук» (с уменьшительным или просто адаптированным к русскому языку окончанием). Такая цепочка — от этнонима к прозвищу, а затем к фамилии — обычна: скажем, фамилия Калмыков происходит от «калмык», а Башкиров — от «башкир».

Географически фамилия Манжукова распространена неравномерно. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, носители чаще всего встречаются в Оренбургской области, на Урале и в Сибири. Это косвенно подтверждает версию о связи с маньчжурами: именно в этих регионах исторически проходили торговые пути и границы с кочевыми народами, где контакты с маньчжурами были реальностью.

В сословном плане Манжуковы могли быть как крестьянами, так и казаками — особенно в Оренбургском казачьем войске, где прозвища по этническому признаку давали часто. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» нет, что указывает на её происхождение из непривилегированных слоёв.