Фамилия Манжуковы образована от личного прозвища Манжук. Это типичная русская фамилия, построенная по модели «прозвище + суффикс -ов», который указывает на принадлежность («чей?» — сын Манжука). В основе лежит слово, которое могло попасть в русскую речь из нескольких языков, и единого мнения о его точном значении у ономастов нет.

Самая распространённая версия связывает прозвище с монгольским «манж» — «новичок, ученик». В таком случае Манжуком могли называть молодого подмастерья или недавно принятого в общину человека, то есть прозвище подчёркивало социальный статус. Однако есть и другая тюркская гипотеза: от киргизского «манжын» — «седло со всеми принадлежностями». Тогда прозвище относилось к ремесленнику-седельщику или, наоборот, к лихому наезднику, который не расставался с конской упряжью.

Третья версия выводит Манжука из белорусского диалектного «манежни» — «жеманный». В этом случае прозвище носило ироничный оттенок и закреплялось за манерным, слащаво изысканным человеком. Такое объяснение встречается реже, но оно объясняет, почему фамилия могла возникнуть в западнорусских или белорусских землях.

Словообразовательная модель фамилии — стандартная для русского ономастикона: суффикс -ов присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. Если бы прозвище звучало Манжука, фамилия была бы Манжукин, но форма Манжуков говорит о том, что исходное прозвище было мужского рода и склонялось как существительное второго склонения.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования русских фамилий шёл несколько столетий, и Манжуковы могли появиться и в XVI, и в XIX веке. Судя по географическому разбросу основы (монгольские, киргизские, белорусские корни), носители фамилии встречаются в разных регионах, и это делает её интересным объектом для локальных генеалогических изысканий.