Фамилия Марданкулов — редкий случай, когда географический адрес почти наверняка перевешивает все прочие версии происхождения. Её основа — «Марданкул» — это составное тюркское мужское имя, которое состоит из двух частей: «мардан» (от персидского «мард» — мужчина, храбрец) и «кул» (тюркское — раб, слуга). В мусульманской антропонимике компонент «кул» чаще всего означает не социальный статус, а «раб Божий», то есть смиренного слугу Всевышнего. Таким образом, имя Марданкул можно перевести как «храбрый слуга (Бога)» или «мужественный раб».

Самый надёжный ключ к пониманию фамилии — суффикс «-ов». Он указывает на русскую модель оформления фамилий, но не на русское происхождение носителей. Марданкуловы — это, скорее всего, потомки тюркоязычных народов (узбеков, татар, башкир или казахов), которые жили на территории Российской империи или СССР и получили фамилию по отцу: «чей сын?» — Марданкулов. Встречается она преимущественно в регионах со смешанным населением: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области, а также среди узбеков в Узбекистане, где имя Марданкул до сих пор бытует.

Есть и менее вероятная, но любопытная версия, которую иногда выдвигают из-за созвучия с «марданом» (вид оружия). Однако связывать фамилию с «марданом» (пороховым зарядом) — натяжка: это слово пришло в русский язык из персидского, но в именах оно не фиксируется, а в основе фамилии лежит именно личное имя, а не название вещества.

В дореволюционной России фамилия Марданкулов не принадлежала к дворянским или купеческим — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, образованная по отчеству. Её носители, скорее всего, были земледельцами или ремесленниками, а сама фамилия закрепилась в письменных источниках не раньше XVIII–XIX веков, когда начался массовый учёт «инородческого» населения.