Фамилия Мардини — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с восточными сладостями или итальянским коктейлем. В русской среде эта фамилия, скорее всего, имеет корень в крестильном имени Мардарий, которое в народной речи сокращалось до Марда или Мардя. От таких обиходных форм через суффикс -ин и образовалась фамилия Мардини. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Мардин, то есть сын или потомок Марди (Марды).

Однако здесь есть тонкость. Фамилия выглядит нетипично для центральной России: окончание -ини, а не -ин, встречается чаще в южных и западных регионах, где было сильнее влияние украинского или польского языков. В украинской традиции суффикс -ин иногда переходил в -iн, что при адаптации на русский могло дать -ини. Поэтому Мардини — это, по сути, та же фамилия, что и более привычная Мардин, но закрепившаяся в форме, свойственной определённой местности.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть у людей, чьи предки происходили из итальянского региона Марке или носили прозвище, связанное с названием города Мардин в Турции. Но для русского быта такое объяснение — экзотика. Гораздо логичнее предположить, что предок носителя фамилии Мардини в быту звался Мардя — уменьшительным от Мардарий (церковное имя, означающее «смертный» или «смердящий» в переносном смысле смирения). Или же от редкого имени Мард, которое встречалось в святцах.

Социальный состав первых носителей определить сложно. Фамилия не относится к числу дворянских или купеческих — она редкая и не фиксируется в родословных книгах. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по имени отца или деда. Ареал бытования — вероятно, юг России или Украина, где формы на -ини встречаются чаще, чем на севере.