Фамилия Мардупа — редкая и неочевидная для русского уха. В ней нет привычных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, застывшая в форме прозвища или имени, которое не переоформили по русской модели. На слух она звучит как греческая или тюркская, но ближайшая аналогия — с итальянскими фамилиями вроде Мардупа, которые встречаются на Сицилии. В итальянском «marduppa» — диалектное слово, означающее «неуклюжий человек» или «мешковатый», от латинского «mardus» (вялый). Однако в русском контексте фамилия могла появиться через греческое посредничество: в греческом есть слово «μαρδούπα» — так в некоторых регионах называли сорт винограда или вина, а в переносном смысле — пьяницу.

Вторая версия, более правдоподобная для восточноевропейского ареала, — тюркская основа. В тюркских языках «марду» (mardu) означает «человек», а «па» (pa) — суффикс, образующий прозвища. В татарском или башкирском «Мардупа» могло быть прозвищем человека с большим самомнением, буквально «человечище» или «важный мужчина». Такие фамилии без суффиксов характерны для крымских татар и народов Кавказа, где прозвище переходило в фамилию без изменений. Если предки носителя фамилии были переселенцами из Крыма или Причерноморья, именно этот вариант наиболее вероятен.

Географически фамилия Мардупа почти не встречается в центральной России, но единичные носители зафиксированы в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, где исторически смешивались греческие, тюркские и русские фамилии. Возможно, первоначально фамилия звучала как Мардупян (армянский вариант) или Мардупов, но в документах закрепилась именно усечённая форма. Из-за редкости фамилии её носители, скорее всего, принадлежали к казачьему или мещанскому сословию — в дворянских родословных книгах такая фамилия не значится.