Фамилия Мардынский — классический пример фамилии на -ский, которая в большинстве случаев указывает на географическое происхождение или принадлежность к местности. Такие фамилии в XV–XVII веках получали дворяне по названию своих вотчин, но позже суффикс -ский распространился и среди духовенства, мещан и крестьян. В основе фамилии почти наверняка лежит топоним — название населённого пункта Мардынь, Мардын, Мардыново или что-то подобное. На карте России и бывших земель Речи Посполитой таких пунктов несколько, но ни один не является крупным и широко известным.

Сложность в том, что корень «мардын-» не имеет очевидной славянской этимологии. В русском языке нет слова «марда» или «мардыня» с внятным значением. Поэтому наиболее вероятно, что основа — иноязычная, возможно, тюркская или финно-угорская. В тюркских языках «мардын» может восходить к личному имени или прозвищу (например, от «мард» — муж, храбрец в иранских языках, заимствованном тюрками), а в финно-угорских — к географическому термину. Нельзя исключать и вариант, что Мардын — это искажённое Мартын (от латинского Martinus), но тогда фамилия звучала бы как Мартынский, а не Мардынский. Разница в одной букве (ы вместо и) принципиальна: она указывает на иной источник.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Мардынский стоит в ряду таких, как Загорский, Озерский, Горский, то есть образована по схеме «название места + -ск + -ой/-ий». Носитель такой фамилии, скорее всего, был выходцем из села или поместья Мардынь. Если же фамилия сложилась в среде духовенства, то её могли дать семинаристу по названию его родного прихода или села — это было распространённой практикой в XVIII–XIX веках.

Социальный контекст: фамилии на -ский в XIX веке перестали быть исключительно дворянскими, но всё же реже встречались у крепостных крестьян. Мардынские могли быть однодворцами (государственными крестьянами южных губерний) или мещанами. Встречаемость фамилии сегодня невысокая, что подтверждает её локальное происхождение. Скорее всего, все носители фамилии — потомки жителей одного или нескольких соседних селений, а не множества разрозненных родов.