Фамилия Маргиты восходит к женскому имени Маргарита (в переводе с греческого - «жемчужина»), точнее к одному из его вариантов – Маргита. Имя Маргита популярно в Чехии, Словакии, Словении, Венгрии. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, фамилия Маргиты образована от грузинского слова margi – «гряда». Вероятно, основатель рода Маргиты жил на горном кряже.