Фамилия Маргиты почти наверняка связана с женским именем Маргарита, что в переводе с греческого означает «жемчужина». В основе лежит не полная форма имени, а один из его народных вариантов — Маргита. Такая форма имени особенно популярна в Центральной Европе: в Чехии, Словакии, Словении и Венгрии. В славянской традиции фамилии, образованные от женских имён, встречаются реже, чем от мужских, и обычно указывают на то, что предок был внебрачным ребёнком или воспитывался матерью-одиночкой. Впрочем, в случае с фамилией Маргиты возможен и другой сценарий: прозвище Маргита могли дать мужчине, который жил в доме, где главной была женщина с этим именем (например, вдова-хозяйка).

Существует и альтернативная версия, но она заметно слабее. Согласно ей, фамилия могла образоваться от грузинского слова «margi» — «гряда». Тогда прозвище относилось бы к человеку, жившему на горном кряже. Однако эта гипотеза лингвистически менее убедительна: во-первых, фамилия Маргиты нехарактерна для грузинской ономастики, а во-вторых, суффикс -ы не типичен для фамилий кавказского происхождения. Скорее всего, перед нами русская или украинская фамилия, закрепившаяся в форме родительного падежа единственного числа (кого? — Маргиты), что указывает на прямую принадлежность конкретному человеку.

По сути, фамилия Маргиты — это редкий случай, когда в основе лежит женское имя, да ещё и в западнославянском или венгерском звучании. Носители этой фамилии, вероятно, происходят из регионов, где было распространено имя Маргита, либо их предок получил прозвище по матери или жене, которую так звали.