Фамилия Мариин — редкий случай, когда церковное имя дало не отчество, а притяжательное прилагательное женского рода. В привычной модели Мариин — это «чей?» — «Марии». Но в русской ономастике так почти никогда не образовывали фамилии от мужских имён (Иванов, Петров), а от женских — тем более. Исключение делали для внебрачных детей или для тех, кого записывали по матери, если отцовство было не установлено. Поэтому Мариин — это не «сын Марии» в прямом смысле, а указание на происхождение по материнской линии: «Мариин сын» или «Мариин внук».

Основа фамилии — крестильное женское имя Мария. В народной среде оно звучало как Марья, но фамилия сохранила книжную, церковнославянскую форму без «й». Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. По этой же модели возникли фамилии Татьянин, Натальин, Ольгин — все они крайне редки и почти всегда указывают на матрилинейное родство.

Второй, менее вероятный вариант — происхождение от прозвища Мария, которое могли дать мужчине за мягкий характер или за то, что он жил в женском окружении (например, служил в богадельне при монастыре). Но в таком случае фамилия скорее писалась бы через «я» — Марьин, и географически была бы привязана к северным и центральным губерниям, где такие прозвища фиксировались. Форма Мариин встречается в основном в южнорусских и украинских списках, что подтверждает её книжное, а не диалектное происхождение.

С точки зрения социального статуса носители фамилии Мариин в XIX веке — это либо крестьяне, записанные «по матери» в метрических книгах, либо выходцы из духовного сословия, где при создании фамилий для семинаристов иногда использовали женские имена (Мариинский, Мариин, Марианов). В последнем случае фамилия могла быть дана в честь святой или в память о матери, умершей в родах.

Споров вокруг фамилии почти нет: ономасты (например, в работе Б. Унбегауна «Русские фамилии») относят её к группе редких «материнских» фамилий. Единственная путаница — с фамилией Мариинский, которая образована от географического названия (посёлок Мариинск) или от прилагательного «мариинский» (в честь императрицы Марии). Мариин же лишён топонимической окраски и почти всегда указывает на личное имя конкретной женщины — реальной или святой.