Фамилия Маркаьян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -ян. Это один из самых распространённых патронимических суффиксов в армянской ономастике, означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». Если разобрать фамилию на части, основа — Маркай — представляет собой, скорее всего, диалектную или народную форму личного имени Марк (арм. Маркос). В армянском языке, как и во многих других, имена часто подвергались фонетическим изменениям: твёрдое окончание могло смягчаться или выпадать, а гласные — меняться под влиянием местных говоров. Так Маркос в бытовой речи легко превращался в Маркай, а затем к нему прирос фамильный суффикс.

Особенность этой фамилии — её относительная редкость по сравнению с более распространёнными армянскими фамилиями типа Маркосян или Маркарян. Маркосян — прямой патроним от Маркос, Маркарян — от варианта Маркар (имя Марк с армянским уменьшительным суффиксом -ар). Маркаьян же стоит в стороне: он фиксирует не стандартную литературную, а именно местную, разговорную форму имени. Это указывает на то, что предки носителей фамилии жили в среде, где имя произносили «по-простому», возможно, в регионах с сильным влиянием диалектов Западной Армении или в среде, где армянский язык соседствовал с другими языками (например, с тюркскими или русскими), что могло упростить исходное имя.

С точки зрения географии, фамилия Маркаьян не привязана к конкретному историческому региону Армении, но её носители встречаются в России и странах постсоветского пространства, куда армяне переселялись в XIX–XX веках. В самой Армении такая фамилия — редкость, что делает её маркером либо эмигрантской ветви, либо очень локального рода.

Социально фамилия не несёт сословной нагрузки: в армянской среде фамилии на -ян носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок по мужской линии носителя фамилии, вероятно, был крещён именем Марк (в честь евангелиста), и его потомки, сохранив в фамилии диалектное звучание, передали нам память о том, как это имя звучало в их доме.