Фамилия Маркитанюк — характерный пример украинской модели фамилий на -юк. Этот суффикс, распространённый на западе и в центре Украины (Волынь, Подолье, Галиция), означает «маленький» или «потомок»: Маркитанюк буквально — «сын Маркитана» или «малый Маркитан». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские на -ук/-юк не указывают на принадлежность барину или помещику, а подчёркивают родство по мужской линии.

В основе фамилии лежит прозвище или имя Маркитан. Скорее всего, оно восходит к слову «маркитант» — так в XVII–XIX веках называли мелких торговцев, которые следовали за армией и продавали солдатам провизию, табак, вино. Маркитанты были фигурами заметными: в походных условиях они заменяли походные лавки, и их часто знали в лицо. Впрочем, прозвище могло достаться и человеку, который просто торговал на рынке или вразнос, без связи с военным делом — в украинских говорах слово «маркитан» иногда означало просто «торгаш» или «перекупщик».

Менее вероятна, но возможна связь с именем Марк или его производными (Маркиан, Маркиант). Тогда Маркитан — это народная форма крестильного имени, а суффикс -юк добавляет значение «сын Маркитана». Но поскольку имя Маркитан не встречается в святцах, а в быту оно редкое, версия с торговым прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Маркитанюк чаще всего встречается в западных областях Украины: Ровенской, Волынской, Хмельницкой, Тернопольской. В России она редка и обычно указывает на украинские корни предков, переселившихся в XIX–XX веках (например, на Кубань или в Сибирь). В написании возможны варианты с одной «н» — Маркитанюк, что ближе к устному произношению, но исторически форма с двумя «н» (от «маркитант») была бы точнее.

Таким образом, носитель фамилии Маркитанюк — потомок человека, который либо промышлял мелкой торговлей (возможно, при войске), либо, в более редком случае, был сыном человека по имени Маркитан. Фамилия не дворянская и не крестьянская в узком смысле — она принадлежала к слою ремесленников, мещан и казаков, где прозвища по роду занятий были особенно распространены.