Фамилия Маркитантовых происходит от прозвища Маркитант, которое давали человеку по его занятию. Маркитантами называли мелких торговцев, которые следовали за армией в походах и продавали солдатам еду, питьё и предметы первой необходимости. В эпоху, когда регулярное снабжение войск ещё не было налажено (вплоть до XVIII века), эти торговцы были незаменимы: они кормили армию буквально с колёс.

Прозвище Маркитант — заимствование из европейских языков (французское marguillier, немецкое Marketender), пришедшее в русский язык вместе с военными реформами Петра I и появлением регулярной армии. До этого на Руси таких торговцев называли «сидельцами» или «торгашами». Сама фамилия Маркитантов образована по стандартной русской модели: к основе прозвища добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Маркитанта). Фамилия закрепилась в основном за потомками тех, кто служил при войсках в обозе или держал походную лавку.

Стоит отличать эту фамилию от похожей, но редкой фамилии Маркитан, а также от Маркитантовых с ударением на второй слог. Встречается она преимущественно в южных и центральных регионах России, что может указывать на районы дислокации крупных воинских частей в XVIII–XIX веках. В отличие от многих «ремесленных» фамилий (Кузнецов, Плотников), Маркитантовы несли отпечаток именно военно-походного быта, а не оседлого ремесла.