Фамилия Марцинишен — наглядный пример того, как личное имя, пройдя через суффиксы иноязычного происхождения, превратилось в фамилию, звучащую непривычно для русского уха. В её основе лежит имя Марцин — польская, белорусская и западноукраинская форма канонического христианского имени Мартин (от латинского Martinus — «посвящённый Марсу», «воинственный»). Суффикс -ишен указывает на модель образования, типичную для фамилий польско-литовского пограничья, особенно в бывшем Великом княжестве Литовском.

Ключевая особенность — суффикс -ишен. Он представляет собой вариант суффикса -ишин, который встречается в украинских, белорусских и польских фамилиях. Сравните: Марцинишен, Янишен, Степанишен. Такая форма отвечает на вопрос «чей?» — то есть «сын Марцина» или, в более широком смысле, «потомок Марцина». В польском языке аналогичную роль играет суффикс -ич (Marcinowicz), но форма на -ишен закрепилась в восточных окраинах Речи Посполитой, где смешивались польская шляхетская традиция и местные говоры.

Географически фамилия Марцинишен тяготеет к территории современной Западной Беларуси и восточных воеводств Польши (Подляшье, Гродненщина). Встречается она и у литовцев, где имя Мартинас давало похожие производные. Носитель фамилии в XVI–XVIII веках с высокой вероятностью был крестьянином или мелким служилым человеком, а не шляхтичем: патронимические фамилии на -ишен редко фиксировались за дворянскими родами, предпочитавшими формы на -ский или гербовые прозвища.

Интересно, что написание фамилии могло варьироваться в зависимости от языка делопроизводства. В метриках Российской империи писали Марцинишен, в польских документах — Marciniszen или Marciniszyn. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Марци́нишен. Фамилия не получила широкого распространения в России за пределами западных губерний, поэтому её носители — потомки выходцев именно оттуда.