Фамилия Марунько — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVII–XVIII веках стала одной из самых продуктивных в Малороссии. Суффикс -ко в украинской ономастике выполнял уменьшительно-ласкательную функцию, но в фамилиях он закрепился как патронимический, то есть указывал на родство: «Марунько» буквально означает «маленький Марьян» или «сын Марьяна». Основа здесь — Мар(ь)я, уменьшительное от полного имени Марьян (производное от римского родового имени Марианус, в свою очередь восходящего к Марс — бог войны). В украинской народной традиции форма Маруня — ласковое обращение к носителю имени Марьян, а суффикс -к- добавляет ещё один слой уменьшительности.

В отличие от фамилий на -енко, которые чаще указывали на «внука» или «сына» (Петренко — сын Петра), фамилии на -ко (Марунько, Гринько, Иванко) могли быть и прозвищными, и патронимическими, но со временем закрепились как наследственные. Географически фамилия Марунько тяготеет к западным и центральным областям Украины — Волынь, Подолье, Киевщина, где форма Марьян была распространена шире, чем на востоке. В России фамилия встречается реже и часто оказывается результатом миграций XIX–XX веков, особенно в Краснодарский край и Ростовскую область, куда переселялись украинские крестьяне.

Спорным остаётся вопрос, могла ли основа быть не от имени, а от прозвища. В украинских говорах «марунька» иногда называли нечто маленькое или невзрачное, но это скорее вторичное осмысление, а не первичный корень. Прозвищная версия слабее, потому что фамилия чётко укладывается в патронимическую модель, а прозвища с таким суффиксом обычно образовывали фамилии на -ин или -ов. Поэтому основная и самая правдоподобная версия — от имени Марьян через уменьшительную форму Маруня.

Социально носители фамилии Марунько в XIX веке почти поголовно были крестьянами или казаками — шляхта в Украине предпочитала фамилии на -ский или польские образцы. В ревизских сказках и метрических книгах фамилия встречается в сёлах, а не в городах, что подтверждает её народное происхождение. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Марунько́, хотя в русской среде иногда смещают на первый.